Otro importante organismo internacional en pro de los derechos y desarrollo de los pueblos indígenas, es el  Fondo para el Desarrollo de los Pueblos Indígenas de América Latina y El Caribe —Fondo Indígena— que es el único organismo multilateral de cooperación internacional especializado en la promoción del autodesarrollo y el reconocimiento de los derechos de los Pueblos Indígenas, creado en 1992 durante la celebración de la II Cumbre Iberoamericana de Jefes de Estado y de Gobierno, es uno de los Programas de Cooperación Iberoamericana.

Otras iniciativas que se formularon para mejorar el análisis colectivo y la programación de las Naciones Unidas para apoyar los objetivos y las prioridades nacionales en los distintos procesos de desarrollo son: la Evaluación Común para el País (ECP) y el Marco de Asistencia de las Naciones Unidas para el Desarrollo (MANUD).

Es importante resaltar las acciones de Interacción entre agencias de cooperación técnica y gobiernos en poblaciones indígenas y el hecho que algunos organismos y programas de las Naciones Unidas han adoptado políticas y programas específicos con relación a los pueblos indígenas. La FAO  se constituye en un importante nexo para la coordinación y relacionamiento entre estos actores.